注册税务师管理中心由总局和省局两级组成。
为了加强对税务代理工作的领导，保障注册税务师资格制度的顺利实施，1997年10月，国家税务总局组建注册税务师管理中心，履行管理全国税务代理行业的行政职能。其主要职能是：拟订全国税务代理的行政性法规、规章、制度以及有关政策，并对执行情况进行监督检查；对全国注册税务师的执业资格进行认定、注册、年检和其他管理工作；组织编写注册税务师执业资格考试大纲、考试（指定）教材，组织命题并协助有关部门做好考务工作；审核、审批税务代理机构；查处重大税务代理违章案件；做好税务代理宣传，组织国内外有关税务代理的联络、交流和合作等。注册税务师管理中心下设办公室、制度处、考试处、注册管理处。
省一级注册税务师管理中心由省国家税务局和地方税务局共同组成，接受国家税务总局注册税务师管理中心的业务指导，主要负责组织本地区注册税务师注册登记、年检等项工作；负责审核、报批税务师事务所；对注册税务师及税务师事务所的执业情况进行监督检查，并按规定职权处理违法违章行为；协助有关部门组织本地区注册税务师资格考试等。目前，全国除西藏外，其余35个省、自治区、直辖市和计划单列市均设立了注册税务师管理中心。
