1、会计信息的失实，给税务稽查带来了难度。会计信息反映纳税人的经营活动是纳税人、扣缴义务人依法履行纳税、扣缴义务的基础和依据，也是税务机关检查纳税人、扣缴义务人是否依法履行义务的依据，也是税务机关查账的基础。由于纳税人受经济利益的驱使，采取应建账而不建账，或建立账簿却不如实反映其经营活动，给税务稽查工作带来了难度。
2、税务干部队伍素质参差不齐，使税务稽查工作难以达到应用的效果。虽然各级税务机关在提高干部素质上下了不少功夫，采取了很多办法，但懂业务，会查账，能够熟悉掌握计算机知识的“复全型”人才还很缺乏，近年来，随着科学技术的不断进步，纳税人使用计算机记账的越来越多，但不懂计算机已成为开展稽查工作的瓶颈。
3、办案经费投入。由于税务系统实行条管，地方政府对税务机关投入的积极性减小，上级机关下拨的资金又有限，对稽查部门投入明显不多，稽查部门普遍存在无车辆或车辆老化，燃油、修理费用不足，取证装备缺乏的现象。
4、稽查取证意识不足，大部分税务干部对稽查取证意识不强，案卷所附证据很少或干脆不附证据，给案件定性和进行复议应诉带来了难度。
5、任务型稽查弱化了税务稽查工作。虽然上级税务机关有明确要求稽查部门从“收入型”稽查向全面“执法型”稽查转变，不能够查深、查透、查细。特别是近年来由于经济的发展和征管手段的强化，税收计划一超再超，使一部分税务干部有了任务好完成，稽查就不要再查的错误思想。
6、部门配合不力，信息难以实现共享。由于没有形成共享机制，信息难以共享，且《征管法》规定的二十二个办法大多仍未出台，税务机关无据可依，给实际操作带来了一定的难度。
7、多头检查，使部分纳税人有抵触情绪。国地税机构分设后，国地税分别组建了各自的稽查机构，且互不通报情况，往往是国税查了，地税查，纳税人忙于应付，不同程度地影响了企业的生产经营，使企业有了抵触情绪。
8、检查后监督调账少。极有可能造成先查后抵或先查后退情况的发生，出现了年年查年年有问题的现象。不同程度地弱化了税务稽查的威慑力。
来源：中税网
